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chemfig

chemfig ist ein Paket zum Erstellen von Skelettformeln meist organischer Substanzen. Es stellt außerdem Befehle zum Erstellen von Reaktionsschemata bereit. Es verwendet intern TikZ/pgf.

Inhaltsverzeichnis

[bearbeiten] Verwendung

chemfig ist ein generisches Paket, was bedeutet, dass es mit plainTeX, conTeXt und LaTeX verwendet werden kann. dafür muss wahlweise folgendes in die Präambel eingefügt werden:

\input chemfig.tex   % plainTeX
\usemodule[chemfig]  % conTeXt
\usepackage{chemfig} % LaTeX

[bearbeiten] Befehle

[bearbeiten] Strukturen

Der Basisbefehl ist folgender:

\chemfig{<atom1><bond type>[<angle>,<coeff>,<n1>,<n2>,<tikz code>]<atom2>}

In diesen Befehl werden die Strukturen nach einer einfachen Syntax eingegeben.

\chemfig{H-O-H}

Bild:Chemfig-bsp1.png

[bearbeiten] Bindungen

Als Bindungstypen stehen folgende zur Verfügung:

  • - Einfachbindung
  • = Doppelbindung (zentriert)
  • =_ Doppelbindung (rechts)
  • =^ Doppelbindung (links)
  • ~ Dreifachbindung
  • < Keilbindung
  • > Keilbindung
  • <: gestrichtelte Keilbindung
  • >: gestrichtelte Keilbindung

Durch Spezifikation des optionalen Arguments einer Bindung kann die Richtung modifiziert werden. Es stehen acht vordefinierte Richtungen zur Verfügung, die mit den Zahlen 0,1,...,7 bezeichnet werden.

Bild:Chemfig-bsp3.png

\chemfig{H-[1]O-[7]H}

Bild:Chemfig-bsp4.png

Durch Eingabe eines Doppelpunkts als ersten Token des Arguments kann auch ein spezifischer Winkel (positiv: gegen den Urzeigersinn, negativ: im Uhrzeigersinn) angegeben werden. Zwei Doppelpunkte bezeichnen relative Winkel zur vorherigen Bindung.

\chemfig{H-[:30]O-[:-30]H} \chemfig{H-[:30]O-[::-60]H}

Bild:Chemfig-bsp5.png

[bearbeiten] Verzweigungen

Verzweigungen werden in runden Klammern an der jeweiligen Stelle eingefügt.

\chemfig{-[:30](-[2]-[:30])-[:-30]-[:30]=_[:-30]O}

Bild:Chemfig-bsp7.png

[bearbeiten] Ringe

Ringe können auf zwei Weisen erstellt werden. Zum einen gibt es eine eigene Syntax für regelmäßige Polygone:

\chemfig{*n(<code for the molecule>)}

für Cycloalkane und -alkene und

\chemfig{**n(<code for the molecule>)}

für Ringe mit delokalisierten Elektronen.

»n« steht jeweils für die Anzahl der Ecken des Rings.

\chemfig{*5(-----)}
\chemfig{**6(------)}
\chemfig{*6(=-=-=-)}
\chemfig{-*3(---)}

Bild:Chemfig-bsp6.png

Zum anderen können beliebige Stellen des Moleküls verbunden werden. Dafür wird der Token »?« verwendet.

\chemfig{A-B(-[1]W-X?)(-[7]Y-Z?)-C?}

Bild:Chemfig-bsp8.png

Möchte man Verbindungen zwischen verschiedenen Stellen erzeugen, kann man dem Fragezeichen einen Namen als optionales Argument mitgeben.

\chemfig{A?[a]-[:-72]B-C?[a]?[b]-[:72]D-[:144]E?[a]?[b]}

Bild:Chemfig-bsp9.png

[bearbeiten] Anpassen

  • \setatomsep{<dim>}
  • \setnodestyle{}
  • \setbondstyle{}
  • \setcrambond{}{}{}
  • \setbondoffset{<dim>}
  • \setdoublesep{<dim>}
  • \setlewis{}
  • \setlewisdist{<dim>}

[bearbeiten] Schemata

Schemata werden durch die Makros \schemestart und \schemestop begrenzt.

\schemestart
 A \arrow B
\schemestop

Bild:Chemfig-bsp2.png

[bearbeiten] Anpassen

  • \setcompoundsep{<dim>}
  • \setcompoundstyle{}
  • \setarrowdefault{}
  • \setarrowoffset{<dim>}
  • \setarrowlabelsep{<dim>}
  • \setandsign{}

[bearbeiten] Beispiele

Folgende Beispiele stammen aus der Dokumentation:

\chemfig{N*6((-H_3C)---N(-S(=[::+120]O)(=[::+0]O)-[::-60]*6(-=-(-O-[::-60]-[::+60]CH_3)
=(-*6(=N-*5(-(--[::-60]-[::+60]CH_3)=N-N(-CH_3)-=)--(=O)-N(-H)-))-=))---)}

Bild:Chemfig-bsp-molekuel.png

\setatomsep{2em}
\schemestart[-90]
 \chemfig{**6(---(-NH _2)---)}\arrow{0}\chemfig{HNO_2}
 \merge(c1)(c2)--()
 \chemfig{**6(---(-N_2|{}^\oplus)---)}\arrow{0}\chemfig{**6(---(-NH _2)---)}
 \merge(c3)(c4)--()
 \chemfig{**6(---(-N=[::-30]N-[::-30]**6(---(-NH_2)---))---)}
\schemestop

Bild:Chemfig-bsp-schema.png

[bearbeiten] Verwandte Pakete

[bearbeiten] Links

chemfig auf CTAN

Strukturformeln: das „chemfig“ Paket




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