habe das selbe problem... nur sehe ich den schritt nicht, den anscheinend auch ich übersehen habe.
folgedes mache ich:
1. mit gnuplot die eps und tex datei erstellen
2. eps -> pdf
3. pdfcrop dateiname
4. die texdatei von gnuplot zusammen mit der gecropten datei in mein document einbinden
wenn ich die gecropte pdf datei nutze, ist das bild zu weit unten links. wenn ich die ursprüngliche benutze, ist das bild zu weit oben rechts. was mache ich falsch?
Lass es besser bleiben und verwende pgfplots. Einfach als Paket in deine Präambel einbinden und ausprobieren. Die Doku ist perfekt, um reinzukommen. Es lohnt sich!