Ohne ein Minimalbeispiel können wir nur Vermutungen anstellen.
Mit
every node near coord/.append style={yshift={\ifnum\coordindex=0 4pt \else 0pt \fi}},
bekomme auch ich in einem einfachen Beispiel aus der Dokumentation des Pakets die genannte Fehlermeldung, während
\begin{axis}[ ybar stacked, nodes near coords, visualization depends on={\coordindex==0 ? 4pt : 0pt) \as \nncshift}, every node near coord/.append style={yshift=\nncshift} ]
funktioniert.