Die Lücke entsteht an der Stelle keineswegs zufällig. Dein \vspace steht am Anfang einer neuen Zeile und schon im horizontalen Modus. In dem Fall wirkt er aber erst am Ende dieser Zeile, weshalb der Abstand nach der Zeile eingefügt wird, an deren Anfang er stand. Wenn Du nach einer Tabellenzeile einen Abstand einfügen willst, dann nimm das optionale Argument von \\, in dem Fall \\[1mm] oder wenn booktabs geladen ist, den dafür vorgesehenen Befehl \addlinespace[<abstand>]. Da booktabs vertikale Linien aus gutem Grund nicht unterstützt, entstehen bei Verwendung von \addlinespace genau wie beim Einfügen von \toprule, \midrule und \bottomrule Lücken in den vertikalen Linien.
Ich würde Dir auch raten, auf die vertikalen Linien komplett zu verzichten:
\documentclass{scrartcl}
\usepackage{booktabs}
\begin{document}
\begin{tabular}{l|l}
\toprule
Dateiname & Neu/Aenderung\\
\midrule
eine Datei & eine Aenderung\\
& eine Neuerung\\ \addlinespace
zweite Datei & eine Aenderung\\
& noch eine Aenderung\\
& eine Neuerung\\ \addlinespace
zweite Datei & eine Neuerung\\
\bottomrule
\end{tabular}
\hfill
\begin{tabular}{ll}
\toprule
Dateiname & Neu/Aenderung\\
\midrule
eine Datei & eine Aenderung\\
& eine Neuerung\\ \addlinespace
zweite Datei & eine Aenderung\\
& noch eine Aenderung\\
& eine Neuerung\\ \addlinespace
zweite Datei & eine Neuerung\\
\bottomrule
\end{tabular}
\end{document}
Der von \addlinespace beim Fehlen des optionalen Argumentes einzufügende Abstand ist in der Länge \defaultaddspace gespeichert. Wenn man einen anderen Abstand möchte, braucht man also nur diese Länge zu ändern.
Gruß
Elke
