Das würde suggerieren, dass TeXstudio mit einem anderen PATH arbeitet und daher noch ein Dein vorheriges TeX findet.
Wie genau hast Du denn den PATH gesetzt? Du brauchst eine Methode, die automatisch auch für GUI-Programme funktioniert.
Ich weiß, dass ich jedes mal, wenn ich TeX neu unter Linux installiere, wieder googeln muss, wie ich PATH am besten setze. Daher kann ich Dir jetzt nicht sagen, wie ich es beim letzten mal gemacht habe. Es gibt aber eine Reihe von Möglichkeiten. Die Debian-Anleitung von TUG.org (http://www.tug.org/texlive/debian.html) sagt ENV_PATH in /etc/login.defs. In https://tex.stackexchange.com/q/1092/35864 sind ein paar weitere Möglichkeiten genannt (/etc/environment, /etc/profile.d/). Siehe auch https://askubuntu.com/q/866161/57634 und https://help.ubuntu.com/community/Envir ... _variables.
Man beachte außerdem, dass die meisten PATH-Methoden von oben nicht automatisch auch den PATH für sudo setzen. Wenn Du also in ein Verzeichnis installiert hast, in dem man nur mit sudo schreiben kann, dann müsstest Du Vorkehrungen treffen, dass sudo tlmgr update funktioniert.