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\begin{TemplatePdfSection}
\usepackage{...}
....
\end{TemplatePdfSection}

\DefineTemplateSection[enabled]{TemplatePdfSection}
% zusammen mit 
\SetTemplateSection{TemplatePdfSection}{enabled}

\documentclass[]{article}

%\usepackage[latin1]{inputenc}
%\input{preambel/preambel}

\RequirePackage{ifthen}
\makeatletter
%%% --- basic missing latex code 
\newcommand*{\provideenvironment}{%
  \@ifstar {\@sprovideenvironment}{\@provideenvironment}%
}
\newcommand*{\@sprovideenvironment}[1]{%
  \@ifundefined{#1}{\newenvironment*{#1}}{\@gobbletwo}%
}
\newcommand*{\@provideenvironment}[1]{%
  \@ifundefined{#1}{\newenvironment{#1}}{\@gobbletwo}%
}
\makeatother

\RequirePackage{comment}

% \DefineTemplateSection[enabled]{TemplatePdfSection}
\newcommand{\DefineTemplateSection}[2][true]{ %
	% create environment that does nothing
	\provideenvironment*{#2}{}{}
	% check how to handle the contents
	\ifthenelse{\boolean{#1}}{
		% do nothing 		
	}{
		% hide contents of environment
		\excludecomment{#2}
	}
}%


\DefineTemplateSection[false]{TemplateMath}
\DefineTemplateSection[true]{TemplateFigures}

% \newenvironment{TemplateMath}{}{}
% \newenvironment{TemplateFigures}{}{}

\begin{TemplateMath}
\usepackage{amsmath}
\end{TemplateMath}
%
\begin{TemplateFigures}
\usepackage{graphicx}
\end{TemplateFigures}

\listfiles

\begin{document}
\end{document}

\newcommand{\DefineTemplateSection}[2][true]{%
  % check how to handle the contents
  \ifthenelse{\boolean{#1}}{%
    \includecomment{#2}%
  }{%
    % hide contents of environment
    \excludecomment{#2}%
  }%
}%

\newif\ifVariantSectionMathe\ifVariantSectionMathefalse
...
\ifVariantSectionMathe
\usepackage{amsmath}
\fi

\DefineTemplateSection{true}
{
    \usepackage{...}
}

\IfUseInTemplate[true]{math}
{
    \usepackage{...}
}

% disable loading of package
\DisablePackage{hyperref}
% oder
\DisablePackages{hyperref,microtype}

\usepackage{hyperref,microtype} % wird beides nicht geladen

\documentclass[]{article}

\RequirePackage{ifthen}
\makeatletter
\providecommand\createboolean[2]{%
   \newboolean{#1}\setboolean{#1}{#2}
}%
\let\usepackage\template@usepackage
\providecommand{\usepackage}[2][]{%
  \ifthenelse{\boolean{ifload@#2}}{
	  \template@usepackage[#1]{#2}
  }{
    % package not loaded
  }
}
\providecommand{\DisablePackage}[1]{%
  \createboolean{ifload@#1}{false}%
}%
\providecommand{\EnablePackage}[1]{%
  \createboolean{ifload@#1}{true}%
}%

\makeatother

%\DisablePackage{graphicx}
\usepackage{graphicx}


\listfiles

\begin{document}
\end{document}

\documentclass{article}

\makeatletter
\newcommand*{\@excludepackages}{}
\let\@excludepackages\@empty% eigentlich nicht notwendig, aber wer weiß, was
                            % \newcommand noch alles anstellt.
\newcommand*{\excludepackages}[1]{%
  \edef\@excludepackages{\@excludepackages,\zap@space#1 \@empty}%
}
\newcommand*{\OriginalRequirePackage}{}
\let\OriginalRequirePackage\RequirePackage
\renewcommand*{\RequirePackage}[2][]{%
  \typeout{TRACE: Mein \string\RequirePackage}%
  \ifx\@excludepackages\@empty% Keine Ausnahmen
    \typeout{TRACE: Keine Ausnahmen}%
    \edef\reserved@c{,#2}%
  \else
    % Alle Pakete durchgehen (wir erinnern und, dass das Argument von
    % \RequirePackage eine Liste sein kann):
    \let\reserved@c\@empty% Neue Ladeliste
    \@for\reserved@b:=#2\do {%
      \begingroup
        \@tempswatrue % Paket laden
        \@for\reserved@a:=\@excludepackages\do {% Liste der ausgenommenen Pakete
                                                % durchgehen 
          \ifx\reserved@a\reserved@b % Das aktuelle Paket ist in der Liste
            \@tempswafalse % Paket nicht laden
          \fi
        }%
        \if@tempswa
          \xdef\reserved@c{\reserved@c,\reserved@b}%Paket in die neue Liste
        \fi
      \endgroup
    }%
  \fi
  % Übrige Pakete laden, dabei das Komma am Anfang der Liste entfernen.
  \edef\reserved@a{\noexpand\OriginalRequirePackage[#1]{%
      \expandafter\@gobble\reserved@c\@empty}}%
  \reserved@a
}
\ifx\usepackage\OriginalRequirePackage
  \let\usepackage\RequirePackage% Das macht LaTeX selbst auch,
                      % muss aber wiederholt werden, weil sonst das
                      % alte \RequirePackage (also \OriginalRequirePackage)
                      % für \usepackage verwendet wird.
\else
  % Hier fehlt noch eine Fehlerbehandlung bezüglich eines unerwartet
  % (durch irgend ein anderes Paket) umdefinierten \usepackage
\fi
\makeatother

\excludepackages{scrlfile}
% Die folgende Zeile ergibt einen Fehler, weil typearea auf scrlfile
% angewiesen ist, wir das Laden dieses Pakets aber verboten haben.
\usepackage{scrbase,scrlfile,typearea}

\begin{document}

\end{document}

\documentclass{article}

\providecommand{\DefineTemplateSectionX}[2][true]{%
  \newif\ifTemplateSection#2
  \TemplateSection#2#1
  % \createboolean{bool@templatesection@#2}{#1}%
}%
\providecommand{\SetTemplateSectionX}[2]{%
  \TemplateSection#2#1
  %\setboolean{bool@templatesection@#2}{#1}%
}%
\providecommand{\BeginTemplateSection}[1]{%
	\ifTemplateSection#1
}
\providecommand{\EndTemplateSection}[1]{%
	\fi
}

\DefineTemplateSectionX[true]{PackagesBase}

\begin{document}
Hello
\BeginTemplateSection{PackagesBase}
World
\EndTemplateSection{PackagesBase}
\end{document}